Dot-Plot-Analyse
Home l Extractor l CoordCalc l Viewer l Begriffe Best viewed with IE 6
In unserer Praktikumszeit hatten wir die Aufgabe, ein kleines Programm zur Dot-Plot-Analyse zu schreiben. Was es mit dem Programm auf sich hat, möchten wir auf diesen Seiten hier erklären.
Programmiert haben wir in Delphi 6.
[Sylvia Baumann & Ronald Rist]
Zusammenfassung
Die zentrale Aufgabenstellung bestand darin, ein Tool zu entwickeln, welches in der Lage ist, Paare von z.B. DNA-Abschnitten oder Proteinketten so grafisch darzustellen, dass sie auf Übereinstimmungen bzw. Unterschiede visuell überprüft werden können. Ein Filter zur Unterdrückung von Rauschen (ein Filter, der wichtige, lange übereinstimmende Abschnitte von kurzen trennt) ist eingebaut und ermöglicht so eine übersichtlichere Darstellung.
Außerdem sind Funktionen wie das Extrahieren von formatierten Proteinketten aus Dateien oder auch Zooming integriert.
Wenn ihr wissen möchtet, was wir erreicht haben, und sehen wollt, was unser Programm so leistet, dann müsst ihr weiter lesen ;-)
Viel Spaß !
Zu Beginn mussten wir natürlich erst einmal eine Datenquelle finden. Bei der Suche sind wir in der großen Datenbank NCBI fündig geworden. Für ein erstes Beispiel suchten wir nach Bakterien der Gattung Helicobacter pylori (Dieses säuretolerante Bakterium kann eine Infektion der Magenschleimhaut verursachen und gilt deshalb als Hauptursache von Magengeschwüren). Als Ergebnis erhielten wir HTML-Files des folgenden Typs:
Im oberen Bereich befanden sich eine Vielzahl von Angaben, wie z.B. Titel, Autoren und Datumsangaben. Von Interesse war für unsere Zwecke aber nur der untere Bereich mit dem sequenziellen Kettenaufbau des Bakteriums. Wir benötigten also einen Filter. Für diese Aufgabe entwickelten wir unser erstes Teilprogramm, den --> Extractor.